Una forma de poder liberarte de los templates es instalar un sistema de grid. Yo utilizo el 960 grid System. (Se puede descargar en 960.gs)
Para poder instalarlo es necesario instalar el theme Zen en Drupal. Esto es muy sencillo y esta en la pagina oficial de drupal. Lo descargamos y lo instalamos normalmente.
http://drupal.org/project/zen
Una vez instalado el theme, debemos copiar la carpeta STARTERKIT situada en nuestro-drupal/sites/all/themes/zen en el directorio nuestro-drupal/sites/all/themes.
Contenido de la carpeta zen.